Насколько я помню, когда-то говорилось, что церковная латынь отличается от классической только произношением C (к/ц против всегда к). А то, что в их латыни можно иногда услышать Ч вместо Ц, наводит на мысль, что и их произнесение gn не нормативно экклезиастическое, а безобразный итальянский акцент.